Badanie kliniczne w zakresie poszukiwania markerów genetycznych odpowiedzialnych za intensywność przebiegu choroby COVID-19 ze szczególnym uwzględnieniem pacjentów z towarzyszącymi chorobami krążeniowo-oddechowymi
Opis projektu
Budżet projektu 2 775 000 zł
Projekt ma na celu przeprowadzenie niekomercyjnych badań klinicznych z udziałem 200 pacjentów przyjętych i hospitalizowanych w CSK MSWiA w wyniku podejrzenia zakażenia nowym koronawirusem SARS-CoV-2. Badanie będzie polegało na sekwencjonowaniu całego genomu pacjentów (ang. whole genome sequencing, WGS), a następnie analizie zebranych informacji w celu poszukiwania markerów genetycznych determinujących prawdopodobny przebieg choroby COVID-19. Analiza porównawcza osób zakażonych wykazujących łagodne objawy, zakażonych - zmarłych w wyniku ciężkiego przebiegu infekcji, umożliwi rozpoznanie wariantów genomowych skorelowanych z odpowiedzią organizmu na wirusa. Planowane badanie będzie obejmowało chorych którzy w przeszłości/obecnie cierpią na schorzenia krążeniowo-oddechowe. Planuje się przeprowadzenie analiz całogenomowych z krwi pacjentów z zastosowaniem algorytmów sztucznej inteligencji używanych dotąd do wyszukiwania markerów genomowych pozwalających m.in. na zastosowanie nowoczesnych terapii celowanych w onkologii. Efektem końcowym badań będą wyniki pozwalające na opracowanie nowego testu diagnostycznego wykorzystującego analizę jedynie kilku genów lub ich fragmentów, do celów identyfikacji osób o szczególnej predyspozycji do ciężkiego przebiegu choroby oraz testowania już zakażonych osób w celu prognozowania przebiegu choroby COVID-19. Test powstały w wyniku projektu pozwoli także na szybkie testowanie personelu medycznego w celu większej ochrony osób narażonych na ciężki przebieg choroby, jednocześnie wskazując te osoby, które są do pewnego stopnia chronione przez dane warianty genomowe, a wobec tego mogą bezpiecznie zapewnić opiekę osobom zakażonym.
Cele projektu i kamienie milowe:
- Stworzenie dedykowanej ścieżki analitycznej dostosowanej do analizy danych genomowych pacjentów zakażonych SARS-CoV-2 z uwzględnieniem markerów genetycznych dla chorób krążeniowo-oddechowych. - 3 miesiąc
- Zakończenie analizy pierwszych 50 genomów pozwalające na rozpoczęcie prac nad algorytmami sztucznej inteligencji dedykowanych do wykrywania markerów genetycznych- 6 miesiąc.
- Zakończenie sekwencjonowania 200 genomów -12 miesiąc
- Zakończenie budowy algorytmów sztucznej inteligencji -14 miesiąc
- Przedstawienie listy markerów genetycznych -15 miesiąc
- Opublikowanie wyników prac -16 miesiąc
-
Zakończenie walidacji testu diagnostycznego opartego o metodę PCR pozwalającego na testowanie dużej liczby chorych -18 miesiąc
Opis przebiegu badania klinicznego
Do badania planuje się włączenie osób z istniejącymi przed infekcją wirusem SARS-CoV-2 chorobami sercowo - naczyniowymi i układu oddechowego.
Kryteria włączenia:
- Wyrażenie świadomej zgody na udział w badaniu potwierdzone opinią lekarza o świadomym jej wyrażeniu.
- CON/ID-19 potwierdzony molekularnie (PCR) - w odniesieniu do grupy osób zakażonych.
- Mężczyźni oraz kobiety.
- Wiek: >18 lat
- W przypadku kobiet w wieku rozrodczym lub okołomenopauzalnym kryterium włączenia jest ujemny wynik laboratoryjnego testu ciążowego.
Kryteria wyłączenia:
- Brak świadomej zgody lub wycofanie świadomej zgody na udział w badaniu.
- Schorzenie psychiatryczne, które w opinii badacza będzie uniemożliwiało wystarczającą współpracę
- Ciąża lub okres połogu.
Zakres badania obejmuje sekwencjonowanie genomów w 2 grupach badanych:
- Osoby z łagodnymi objawami po pojawieniu się wyniku pozytywnego (MEWS do 2 pkt)
- Osoby, które doświadczają poważnych powikłań po zakażeniu COVID-19. (MEWS >=3 pkt)
Krew zostanie pobrana w ramach normalnej procedury, a próbka krwi zostanie wysłana do laboratorium diagnostycznego MNM. Przeprowadzone zostanie sekwencjonowanie DNA (technologią Sllumina, technika sparowanych końców - długość 150 bp, pokrycie min. 30x.) Dane w formacie FastQ zostaną następnie przesłane na serwery i poddane właściwym analizom za pomocą zaawansowanych algorytmów. Odnalezione warianty genetyczne zostaną skorelowane także z informacjami klinicznymi dotyczącymi przebiegu choroby.